Он был арестован и, по личному желанию Екатерины, к удивлению всех знавших его, был в 1792 году приговорен к смерти. Его, однако, не казнили, но осудили к 15-летнему заключению в страшной Шлиссельбургской крепости, причем он был посажен в ту самую секретную камеру, где томился когда-то Иоанн Антонович. Друг Новикова, масон д-р Багрянский, изъявил желание разделить с ним его заключение. Новиков оставался в крепости вплоть до смерти Екатерины. Только Павел I освободил его, в 1796 году, в первый же день своего царствования; но Новиков вышел из крепости разбитым человеком и впал в глубокий мистицизм, наклонность к которому уже в то время проявлялась в некоторых масонских ложах.

Христианские мистики не были счастливее масонов. Один из них, Лабзин (1766—1825), пользовавшийся большим влиянием в обществе, благодаря литературным трудам, в которых он боролся с безнравственностью, окончил дни свои в ссылке. Впрочем, несмотря на правительственные преследования, и мистические христиане и масоны (некоторые ложи которых следовали учению розенкрейцеров) оказали глубокое влияние на умственную жизнь России. С восшествием на престол Александра I масоны получили возможность более свободной проповеди своих идей; выраставшее в обществе убеждение в необходимости уничтожения крепостного права, а также судебной и административной реформы, несомненно, в значительной степени было результатом проповеди масонов. Кроме того, довольно большое количество замечательных людей получили образование в московском институте «друзей», основанном Новиковым; между ними можно указать на историка Карамзина, на братьев Александра Ивановича и Николая Ивановича Тургеневых (дальних родственников великого романиста) и нескольких политических деятелей.

Судьба Радищева (1749—1802), политического писателя той же эпохи, носит еще более трагический характер. Он получил образование в Пажеском корпусе и был одним из тех молодых людей, которых русское правительство послало в 1766 году в Германию для окончания образования. Он слушал лекции Геллерта и Платтнера в Лейпциге, а также изучал французских философов. По возвращении из-за границы, в 1790 году, он издал «Путешествие из Петербурга в Москву», идея которого, кажется, была внушена ему «Сентиментальным путешествием» Стерна. В этой книге он очень искусно сочетал свои впечатления от путешествия с различными нравственно-философскими рассуждениями о русской действительности и дал хорошие правдивые изображения тогдашней русской жизни.

С особенной силой он указывал на ужасы крепостного права, а также на скверную организацию администрации, продажность судов и т. д., подтверждая эти осуждения общего характера конкретными фактами, почерпнутыми из действительной жизни. Екатерина, которая уже до начала революции во Франции, и в особенности со времени событий 1789 года, начала относиться враждебно к либеральным идеям своей юности, пришла в ужас от книги Радищева. По ее повелению она была конфискована и подвергнута уничтожению. Императрица сама писала обвинение против этой книги и описывала автора, как революционера «хуже Пугачева». Еще бы! он осмеливался «говорить с одобрением о Франклине» и был заражен французскими идеями! Вследствие этого Екатерина сама написала резкий разбор книги, послуживший руководством при возбуждении преследования против автора. Радищев был арестован, заключен в крепость и позднее выслан в одну из отдаленнейших местностей Восточной Сибири, в Илимск. Он был освобожден из ссылки лишь при Александре I, в 1801 году. Год спустя, убедившись, что даже восшествие на престол Александра I не ведет к крупным реформам, он покончил с собою. Что же касается его книги, то она до последнего времени оставалась запрещенной в России. Новое ее издание, сделанное в 1872 году, было конфисковано и сожжено, и лишь в 1888 году было разрешено одному издателю выпустить эту книгу в количестве всего лишь ста экземпляров, доступных лишь небольшому числу ученых и высокопоставленных чиновников.