Загадки вокруг капитана Немо громоздятся одна на другую. Раскрыть их нелегко, ибо сам капитан Немо предпочитает о себе молчать.

За семь месяцев невольного заточения, которые профессор Аронакс провел на борту «Наутилуса», о командире подводного корабля ему удается разузнать немногое.

У капитана Немо была запоминающаяся с первого взгляда внешность южанина, не то испанца или турка, не то араба или индуса.

Особенно поразил профессора Аронакса при первой встрече взгляд капитана Немо: «он пронизывал душу!».

Язык, на котором он говорил со своими подчиненными и отдавал приказания, казался странным и непонятным. Это был благозвучный, гибкий, певучий язык с ударением на гласных, язык, о существовании которого профессор Аронакс и не подозревал. Что это за язык, — оставалось загадкой. Как и черного цвета флаг, который устрашающе реял над «Наутилусом». Это не было пиратское полотнище с изображением скрещенных костей и черепа на черном фоне. Что же в таком случае он означал? Символом чего являлось черное знамя с вышитой на нем золотой буквой «N»? И на это не было ответа…

Все отчетливее перед нами вырисовывается фигура капитана Немо. «Не был ли он защитником угнетенных народов, освободителем порабощенных племен? Не участвовал ли он в политических и социальных потрясениях последнего времени?» — спрашивает профессор Аронакс, начинавший смутно догадываться о том, что представляет собой капитан Немо.

Пленникам удается бежать с «Наутилуса», ставшего для них плавучей тюрьмой. Они вновь обретают свободу, возвращаются к жизни среди людей. «Однако что же сталось с „Наутилусом"? Жив ли капитан Немо? — спрашивает профессор Аронакс в конце книги. — Каково его настоящее имя?» Ответа на это в романе не было.