Согласитесь, что предложение звучит нелепо из-за включения в него предлога благодаря, не потерявшего еще синего первоначального лексического значения (по связи с глаголом благодарить). Логично употреблять его в тех случаях, когда речь идет о причинах, вызывающих желательный результат, например: поправился благодаря заботам матери, спасся благодаря своей находчивости и т. п. Степан Аркадьевич в школе учился хорошо, благодаря своим хорошим способностям. (Л. Н. Толстой.)

Однако в печати нередко встречаются такие предложения: «Благодаря снежным заносам движение прервано», «Поезд потерпел крушение благодаря небрежности стрелочника» и т. п., нарушающие указанное выше положение («не за что благодарить»). Здесь отмечается употребление предлога благодаря для указания причины вообще, а не только такой, которая «заслуживает благодарности»: эта причина может быть нейтральной и даже вызывающей отрицательные последствия. Например, у писателей: Связь с людьми потеряна благодаря последним арестам (М. Горький); С войны он вернулся почти оглохший, благодаря осколку гранаты, с больной ногой (А. И. Куприн). И все же невозможность предложений типа нашего заголовка («Ученик не пришел в школу благодаря смерти матери») свидетельствует о том, что в предлоге благодаря в какой-то мере сохраняется его исконное значение.

Как же лучше сказать? – …не пришел в школу вследствие (по причине, из-за) смерти матери.