В годы всеобщего подъема Салтыков разделяет серьезные упования многих русских людей на Александра II (ведь даже Герцен сразу после реформы 1861 г. будет приветствовать его именем царя-освободителя!). Он считает обязанностью гражданина помочь правительству в отмене крепостного права. Салтыков не оставляет государственную службу и на административном поприще надеется способствовать прогрессивным мерам царской администрации. С энтузиазмом Салтыков брался за самые спорные дела, яростно боролся с произволом чиновников и помещиков. Не случайно его, вице-губернатора Рязани (1858–1860), местные острословы называли то «вице-Робеспьером» по имени бескомпромиссного вождя Великой французской революции, то «домашним Герценом». В год освобождения крестьян на посту вице-губернатора Твери он предельно ясно выразил свою позицию: «Я не дам в обиду мужика! Будет с него, господа… Очень, слишком даже будет!»

            Следующим поистине гражданским поступком писателя, не так давно вернувшегося из ссылки, стало вхождение в редакцию «неблагонадежного», с точки зрения самодержавия, журнала. Когда «Современник» лишился двух своих лидеров (в 1861 г. умер Н. А. Добролюбов, а в 1862 г. Н. Г. Чернышевский стал узником Петропавловской крепости), его редактор Н. А. Некрасов нуждался в надежном соратнике, чей авторитет мог бы поддержать доброе имя и репутацию главной трибуны демократически настроенных литераторов и критиков. Н. А. Некрасов, сблизившийся с М. Е. Салтыковым, не ошибся. Прогрессивные взгляды, писательская известность, недюжинные организаторские человеческие качества М. Е. Салтыкова: гражданская отвага, прямодушие, способности и честность – помогли поддержать авторитет издания.

            В «Современнике» и его сатирическом приложении «Свистке» печатаются новые произведения Салтыкова, оттачивается его сатирический талант. Острая злободневная публицистика будоражит российского читателя. Рассказы и очерки тяготеют к циклам, которые приобретают названия «Невинных рассказов» (1857–1863) и «Сатир в прозе» (1859–1862).

            В 1863–1864 годы на фоне краха связанных с реформой демократических надежд серьезно обострились разногласия Салтыкова с молодыми демократами, прежде всего с Д. И. Писаревым. В острополемичных статьях-обзорах «Наша общественная жизнь» он не раз обвиняет круг единомышленников Писарева, входящих в редакцию «Русского слова» в «скромном служении» общественным наукам, в репетиловщине и сепаратизме. Д. И. Писарев в статье «Цветы невинного юмора» (февраль 1864 г.) обрушивается на сатирика с упреками в туманных бессмыслицах и убаюкивающей, располагающей ко сну сатире. В. Зайцев в том же номере журнала в статье «Глуповцы, попавшие в «Современник»», разоблачает Салтыкова-Щедрина как «будирующего сановника», случайно попавшего в «Современник» и лишь носившего «костюм Добролюбова». Положение усугубляется спором вокруг романа арестованного Н. Г. Чернышевского «Что делать?», который Салтыков-Щедрин не принял прежде всего из-за утопизма и «произвольной регламентации» в известных проектах будущего. «Всякий разумный человек, читая… роман, сумеет отличить живую и разумную его идею от сочиненных и только портящих дело подробностей». Но вислоухие (этим жестким прозвищем в пылу полемики Салтыков награждает соратников Писарева, но отнюдь не всех молодых демократов, как подчеркивает сам писатель) понимают дело иначе; они обходят существенное содержание романа и «приударяют насчет подробностей, а из этих подробностей всего более соблазняет их перспектива работать с пением и плясками». Происходит так называемый раскол в нигилистах. Разногласия с сотрудниками редакции «Современника» (М. А. Антоновичем, Г. З. Елисеевым, А. Н. Пыпиным) вынуждают Салтыкова покинуть журналистику и вернуться на государственное поприще.

            За четыре года службы в качестве управляющего казенными палатами в Пензе, Туле, Рязани М. Е. Салтыков успел изучить не одного губернатора и поочередно испортить отношения со столпами местной административной власти, в массе своей – «мерзавцами» и «прохвостами». В июне он уходит в отставку, все же получив от правительства награждение генеральским чином действительного статского советника.